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第三方认证机构的HACCP认证，不仅能够为企业食品安全控制水平提供有力佐证，而且将促进企业HACCP体系的持续改变，特别或有效提升客户对企业食品安全控制的信赖水平。在国际食品贸易中，愈加多的进口国官方或顾客需要供方企业打造HACCP体系并提供有关认证证书，不然商品将不被同意。据中国进出口产品检验总公司HACCP认证协调中心主任朱晓南介绍，HACCP体系认证一般分为四个阶段，即企业申请阶段、认证审核阶段、证书维持阶段、复审换证阶段。
企业申请阶段第一，企业申请HACCP认证需要注意选择经国家认同的、拥有资格和资深专业背景的第三方认证机构，如此才能确保认证的权威性及证书效力，确保认证结果与商品消费国官方验证体系相衔接。在国内，认证认同工作由国家认证认同监督管理委员会统一管理，其下属机构中国国家进出口企业认证认同委员会（CNAB）负责HACCP认证机构认同工作的推行，也就是说，企业应该选择经过CNAB认同的认证机构从事HACCP的认证工作。
食品企业在提交认证申请前，应与认证机构进行全方位有效的信息交流。HACCP不是空中楼阁，它需要食品企业应第一拥有肯定的基础，这类基础包含：好生产作业规范（GMP）、好卫生操作（GHP）或标准卫生操作程序（SSOP）与健全的设施养护计划、职员教育培训计划等，企业应该已经根据现有中国法律法规的有关规定，如原国家出入境检验检疫局于1994年发布的“出口食品厂库卫生需要”或国家标准“食品企业通用卫生规范”（GB14881-94）等打造了食品卫生控制基础，企业应该已经拥有在卫生环境下对食品进行加工的生产条件。申请认证的企业应就审核依据，尤其是认证所涉及商品的安全卫生指标及商品消费对象、消费国家和区域等达成一致。
认证机构将对申请方提供的认证申请书、文件资料、双方约定的审核依据等内容进行评估。认证机构将依据自己专业资源及CNAB授权的审核业务范围决定受理企业的申请，并与申请方签署认证合同。
在认证机构受理企业申请后，申请企业应提交与HACCP体系有关的程序文件和资料，比如：风险剖析、HACCP计划表、确定CCP点的科学依据、厂区平面图、生产工艺步骤图、车间布局图等。申请企业还应声明已充分运行了HACCP体系。认证机构对企业提供和传授的所有资料和信息负有保密责任。认证费将依据企业规模、认证商品的品种、工艺、安全风险及审核所需人天数，根据CNAB拟定的规范计费。
认证审核阶段认证机构受理申请后将确定审核小组，并根据拟定的审核计划对申请方的HACCP体系进行初访和审核，鉴于HACCP体系审核的技术深度，审核小组一般会包含熟知审核商品生产的专业审核员，专业审核员是那些具备特定食品生产加工方面背景并从事以HACCP为基础的食品安全体系认证的审核员。必要时审核小组还会聘请技术专家对审核过程提供技术指导。申请方聘请的食品安全顾问可以作为察看员参加审核过程。
HACCP体系的审核过程一般分为两个阶段，第一阶段是进行文件审核，包含SSOP计划、GMP程序、职员培训计划、设施保养计划、HACCP计划等。这一阶段的评审一般需要在申请方的现场进行，以便审核组采集更多的必要信息。审核组依据采集的信息资料将进行独立的害处剖析，在此基础上同申请方达成重点控制点（CCP）断定眼光的一致。审核小组将听取申请方有关信息的反馈，并与申请方就第二阶段的审核细节达成一致。第二阶段审核需要在审核方的现场进行。审核组将主要评价HACCP体系、GMP或SSOP的适合性、符合性、有效性。其中会对CCP的监控、纠正手段、验证、监控职员的培训教育，与在新的害处产生时体系是不是能自觉地进行风险剖析并有效控制等方面给予特别的注意。
现场审核结束，审核小组将依据审核状况向申请方提交不符合项报告，申请方应在规定时间内采取有效纠正手段，并经审核小组验证后关闭不符合项，同时，审核小组将终审核结果提交认证机构作出认证决定，认证机构将向申请人颁发认证证书。
证书维持阶段鉴于HACCP是一个安全控制体系，因此其认证证书有效期一般多为一年，获证企业应在证书有效期内保证HACCP体系的持续运行，同时需要同意认证机构至少每半年的监督审核。假如获证供方在证书有效期内对其以HACCP为基础的食品安全体系进行了重大更改，应公告认证机构，认证机构将视状况增加监督认证频次或安排复审。
复审换证阶段认证机构将在获证企业HACCP证书有效期结束前安排体系的复审，通过复审认证机构将向获证企业换发新的认证证书。
除此之外，依据法规及客户的需要，在证书有效期内，获证方还可能同意官方及客户对HACCP体系的验证。